住在東京郊外的某城市的初中生的少年·雨森始，由于從學校回家的時候在自己的家的電子鐵工所發生了的爆炸事故失去了父母。自己也被卷進爆炸，在住院處的醫院遇到神秘女性·雪野彌生據說是叔父雨森所長在筑波山天文臺的助手。 爆炸事故前后，在雨森始周圍開始發生奇怪的事件。出現謎一樣的神秘組織‘1000年盜賊’。不久，雨森始知道雪野彌生的真正身分是拉美圖派遣來引導地球的‘1000年女王’。 并且命運的時刻“1999年9月9日零時9分9秒”，正在一刻一刻地迫近。